Это направление селекционной работы в пчеловодстве является господствующим, так как в подавляющем большинстве регионов России для разведения и хозяйственного использования план породного районирования рекомендует всего лишь какую-то одну породу. Да и в тех местах, где районировано две породы, на двух участках территории (площадью по два-три смежных административных района) рекомендуется только чистопородное разведение пчел (на одном — местной породы, а на втором — завозной).
Более того, эффективность промышленного или переменного скрещивания на остальной территории такого региона находится в прямой зависимости от уровня селекционной работы по улучшению продуктивных и племенных качеств семей районированных пород, осуществляемой в границах этих участков на основе чистопородного разведения (чем лучше такие качества у отцовских и материнских семей двух скрещиваемых пород, тем выше продуктивность семей-помесей 1-го поколения).
Сложилось несколько форм селекционной работы, с помощью которых обеспечивают улучшение продуктивных и племенных качеств пчелиных семей на основе их чистопородного разведения. Одной из важнейших является искусственный отбор, т.е. выделение для дальнейшего размножения наиболее продуктивных и ценных по другим хозяйственно-полезным признакам пчелиных семей и выбраковка худших.
Известны две формы искусственного отбора: отбор массовый, или фенотипический, и отбор индивидуальный, или генотипический.
Под фенотипом имеют в виду совокупность всех признаков и свойств, сформировавшихся в процессе развития организма, как результат взаимодействия его наследственных особенностей (генотипа) и условий внешней среды, в которых это развитие проистекало. Другими словами, фенотип частично является результатом влияния генотипа, а частично — среды, с которой он взаимодействовал в процессе развития данного организма. Потомки наследуют лишь ту часть фенотипического разнообразия признака, которая предопределена генотипом. Изменчивость модификационная, возникающая под влиянием внешней среды, не наследуется.
Наиболее распространенной и самой популярной формой селекционной работы по улучшению наследственности пчелиных семей является массовый (фенотипический) отбор. На пасеках, где селекционная работа до этого не проводилась, он может довольно быстро, в течение немногих поколений, существенно поднять продуктивность основной массы пчелиных семей (до уровня лучших семей, имевшихся на начало работы, т.е. иногда чуть ли не вдвое), а также усилить их племенную ценность (способность более или менее устойчиво передавать дочерним семьям свои ценные продуктивные качества).
Фенотипический отбор осуществляют на основе результатов бонитировки, т.е. распределения их по бонитировочным классам, имеющим различное назначение для использования в следующем сезоне. Так, пчелиные семьи класса элита (самые продуктивные, наиболее ценные по другим хозяйствен но-полезным признаками безусловно чистопородные или условно чистопородные, т.е. соответствующие стандарту данной породы) в следующий сезон используют главным образом в качестве материнских (иногда, частично, и в качестве отцовских). Семьи, отнесенные к I бонитировочному классу, используют в качестве отцовских и т.д. Для формирования отводков, а также в качестве воспитательниц используют лучшие по своим зоотехническим кондициям (сила, количество корма и расплода и пр.) пчелиные семьи I и II класса. Даже при сравнительно небольшой потребности в молодых матках, например только для удовлетворения собственных нужд, крайне важно в качестве и материнских и отцовских использовать возможно большее количество пчелиных семей, так как это существенно расширяет возможности избирательного спаривания маток и трутней и снижает опасность инбридинга (близкородственного спаривания).